利用协同数据解决方案加速癌症免疫治疗研究

 

365app

365app是一家数字产品和技术商业化公司. 365app构建创新的解决方案,加速技术路线图,并为客户及其客户提供真正的影响.

2020年9月11日更新

乍一看

Sage bionetwork 使用开放的科学实践和开发新的研究技术,使科学家能够更有效地合作并负责地共享数据. 作为非牟利及中立的召集人, Sage认为,在分布式研究社区中培养团队合作有助于加速和改善人类健康结果. Sage在为一系列合作研究项目开发定制应用程序方面经验丰富, 他们寻求了365app的专业知识,以提高CRI iAtlas平台的可靠性.

研究人员的新免疫治疗工具

与癌症研究所(CRI)和系统生物学研究所(ISB)合作, Sage bionetwork开发了 交互式门户CRI iAtlas. CRI iAtlas旨在帮助科学家在免疫特征和相互作用的背景下改进肿瘤的遗传研究. 例如, 假设一项研究假设,一种特定的化合物影响了一种亚型免疫细胞,从而减缓了特定肿瘤的生长速度. 在这种情况下, 研究者可以探索从多个其他广泛研究和超过10个iAtlas中汇编的结果,000个人支持证据. 继续扩展此资源的实用程序, iAtlas团队与全球研究团体合作,整合新的数据队列——以20个gb的文件输出,000个或更多的基因和潜在的数百万个突变. 这些数据既需要安全存储,也需要供科学家访问. 

屏幕截图2020年9月22日.20.30 PM

“这不是我与365app合作的第一个项目,所以我很乐观. 其中一个真正有益的事情是,他们的工程师如何与365app的科学家和数据工程师并肩工作,最终实现365app自己可以维护的结果.”

Dr. 詹姆斯•艾迪 主任信息学 & 生物运算, Sage bionetwork

AWS数据库解决方案

依赖于平面文件(例如.g.,表格数据 .txt或 .CSV扩展)存储和加载这些数据是具有挑战性的维护, 手动密集, 在大范围内表现不佳. Sage希望用数据库体系结构(可能还有缓存层)取代平面文件,以改进数据管理, 性能, 和可扩展性,以支持当前和未来的数据可视化模块. 他们还寻求合并持续集成(CI)和持续部署(CD)工具.

他们需要一个有成就和创新的软件合作伙伴,可以把他们的CRI iAtlas愿景变成一个可靠的平台. 365app就是这个合作伙伴.

在项目的第一阶段, 新成立的团队重构了CRI iAtlas应用程序, 允许科学家和开发人员查询大量数据. CRI iAtlas在通过安全门户公开数据以进行子集分析之前,能够更快、更有效地查找和分类数据. 研究人员使用的CRI iAtlas越多, 他们就能更快地选择一个子集, 而且也更容易创建可视化. 简化曾经密集的数据量,可以让假设得到更直接的答案, 促进癌症诊断和治疗的未来研究.

屏幕截图2020年9月22日.23.38 PM

“就集成新数据源和数据类型而言,365app在[iAtlas]内管理数据的方式是禁止的, 还有缩放. 365app认识到需要摆脱平面文件,并有了解决方案的想法, 但与云数据库系统的专家合作相比,很难找到足够的带宽来建立原型并探索这些想法.”

Dr. 詹姆斯•艾迪 主任信息学 & 生物运算, Sage bionetwork

以第一阶段的成功为基础, 该团队随后将注意力转向了第二阶段:用Python和GraphQL设计和开发一个iAtlas数据API,这样研究人员就可以更容易地使用CRI iAtlas的内容. 利用已经完成的工作,自动构建和部署新数据集, iAtlas Data API将允许Sage在私有环境中运行其数据转换和数据库构建管道. 创建数据库的新版本需要大量的计算,但也不定期地进行. 365app提出了一个AWS解决方案,该方案使用EC2 Spot实例,并根据需要提供它们来运行数据构建任务. Sage现在将只支付他们的构建环境时使用它.

屏幕截图2020年9月22日.53.11 PM

“就长期影响而言, 365app与365app的积极合作关系使这种合作成为其他团队和其他项目的一个有吸引力的途径."

Dr. 詹姆斯·艾迪,信息学主任 & 生物运算,Sage bionetwork

一起更好的科学

在一起, 365app和Sage团队已经定义了, 建, 并优化了应用程序特性和用例所需的查询. 所有的技术选择都是为了确保Sage团队能够在交付后维护和构建协作.

该应用程序已经从最初的一个数据集发展到9个数据集,该团队现在可以根据研究需要更好地添加更多数据集, 随着平台的发展,他们可以向用户提供新信息.

屏幕截图2020年9月22日.16.37 PM

开放获取CRI iAtlas可以帮助癌症研究人员探索数据以寻找趋势, 生成的假设, 并决定在哪里进行更深的挖掘——最终推动癌症研究社区,并帮助进一步实现潜在治疗和治愈的目标.

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